収益物件を売却した際の税金の種類や対策とは?確定申告の流れも解説

収益物件(アパート・マンション・戸建てなど)を売却した際、「どれくらい税金がかかるのか?」「確定申告ってどうやるの?」「節税方法ってあるの?」といった疑問を持つ方は多いと思います。

実際、収益物件の売却には複数の税金が絡み、税額も高額になりがちです。

この記事では、

  • 収益物件を売却するときにかかる税金の種類
  • 節税のために知っておきたい制度や注意点
  • 確定申告の具体的な流れ
  • 専門家に頼むべきタイミング

をわかりやすく解説します。


目次

✅ 収益物件売却時にかかる主な税金の種類

1. 譲渡所得税(所得税+住民税+復興特別所得税)

収益物件の売却益(=譲渡所得)に対して課税されます。

ポイントは、「保有期間」によって税率が異なること。

● 短期譲渡所得(5年以下の所有)

  • 所得税:30%
  • 住民税:9%
  • 復興特別所得税:0.63%
  • 合計税率:約39.63%

● 長期譲渡所得(5年超)

  • 所得税:15%
  • 住民税:5%
  • 復興特別所得税:0.315%
  • 合計税率:約20.315%

👉 たった1日の違いで税率が2倍近く変わることもあります。


2. 印紙税

売買契約書に貼る収入印紙代です。

売却金額印紙税額(軽減措置後)
1,000万超~5,000万円以下1万円
5,000万超~1億円以下3万円

※軽減措置は令和6年3月31日まで(要最新確認)


3. 登録免許税

所有権移転登記の際に発生しますが、売主側には原則不要です(買主負担)。


4. 消費税(建物部分のみ)

売主が課税事業者である場合、建物部分の売却には消費税がかかります(土地には非課税)。

  • 居住用:非課税
  • 店舗や事務所:課税対象(10%)

※居住用でも賃貸借契約によっては課税対象となるケースがあるため要注意です。


🧮 譲渡所得の計算方法

譲渡所得 = 譲渡価格 −(取得費 + 譲渡費用)

◉ 取得費とは?

  • 購入価格
  • 仲介手数料
  • 登記費用
  • 不動産取得税
  • 建物の減価償却費控除(重要)

👉 特に建物部分は、減価償却を引いた後の残存価格が取得費になる点に注意。

◉ 譲渡費用とは?

  • 売却時の仲介手数料
  • 抵当権抹消費用
  • 印紙税
  • 解体費用(売却前提の解体)

⚠ 減価償却で課税所得が増える?実例で解説

たとえば、建物を2,000万円で取得し、毎年50万円ずつ償却して10年後に売却した場合:

取得費(建物)=2,000万 −(50万×10年)=1,500万円

➡ 減価償却が進むと、「帳簿上の価値」が下がり、その分、譲渡所得が大きくなりやすいのです。


💡 節税対策のポイント

① 5年を超えてから売却する(長期譲渡になる)

➡ 税率が約半分になるので、売却時期の見極めは超重要!

② 居住用財産の3,000万円特別控除を活用(条件あり)

  • 原則として自宅に限る(収益物件は対象外)
  • ただし「居住兼賃貸」で、一定条件を満たすと一部控除が可能なケースも

③ 譲渡損失との通算を活用

他の不動産で損が出ていれば、それを譲渡益と相殺可能な場合があります(損益通算)。


📄 確定申告の流れと必要書類

◉ 申告の期間

毎年 2月16日〜3月15日(土日の場合は翌平日)


◉ 必要書類リスト

  • 売買契約書(原本・コピー)
  • 登記簿謄本
  • 購入時の契約書・領収書
  • 減価償却の記録(建物がある場合)
  • 譲渡費用の領収書(仲介手数料など)
  • 固定資産税評価証明書
  • 確定申告書B様式・第三表(分離課税用)

◉ 手続きの流れ

  1. 譲渡所得の計算
  2. 所得税・住民税の合計税額を計算
  3. 税務署へ申告書を提出(紙 or e-Tax)
  4. 指定期限までに納税

❌ よくある失敗例

  • 減価償却を計算せず過少申告 → 税務調査で追徴課税
  • 居住用と収益用の区分を誤認 → 特別控除が使えない
  • 確定申告を忘れて延滞税+無申告加算税 → 数十万円の損失
  • 譲渡費用の領収書を紛失 → 所得が増えて税額アップ

「あとで調べよう」は危険です。書類は全て保管!


👨‍💼 税理士を活用するタイミングは?

以下のような人は、必ず税理士に相談すべきです:

  • 売却益が1,000万円以上ある
  • 節税制度が使えるか複雑で判断できない
  • 自分で計算する時間や知識がない
  • 売却物件が複数ある(法人名義含む)

費用の目安は、10万円前後〜30万円程度。
「損しない」「税務署対策」だと思えば安い投資です。


✅ まとめ|収益物件の売却は“税金を制する者が勝つ”

  • 譲渡所得税の税率は「所有期間」で激変
  • 売却前の減価償却や取得費計算の整理が命取りになることも
  • 節税対策(5年保有、損益通算、買換特例など)は事前準備が肝心
  • 確定申告は期限内・正確に行わないと大損
  • 自信がないなら税理士に相談すべし!

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